- Szczegóły
Stworzyliśmy niewielkie narzędzie do planowania trawienia proteolitycznego. Po podaniu akcesji UniProt lub wklejeniu sekwencji i wybraniu jednego albo dwóch enzymów strona pokazuje miejsca cięcia, masy peptydów i wartości m/z, a także jaka część sekwencji mieści się w zadanym zakresie pomiarowym.
- Przygotowaliśmy 13 gotowych enzymów, każdy z odnośnikiem do pracy źródłowej, albo można zdefiniować własną specyficzność w pozycjach P4–P4′, w tym pozycje definiowane przez wykluczenie (np. „nie prolina")
- Dwa enzymy jednocześnie, miejsca cięcia oznaczone kolorem dla każdego z nich
- Masy monoizotopowe i średnie oraz m/z dla wybranych stanów ładunkowych
- Stała modyfikacja cysteiny: karbamidometylowa (IAA, +57), metylotio (MMTS, +46) albo brak
- Pokrycie sekwencji w zadanym zakresie pomiarowym, aktualizowane na bieżąco
- Po najechaniu na peptyd widać jego położenie w białku, sekwencję i m/z dla każdego ładunku
- Ustawienia zapisują się w adresie URL, więc trwały link otwiera to samo trawienie
- Działa w przeglądarce; jedyne zapytanie wysyłane na zewnątrz dotyczy akcesji pobieranej z UniProta
Nie wymaga instalacji ani konta. → https://mslab-ibb.pl/digest
- Szczegóły
MASSTRIM to nowoczesna platforma spektrometrii mas, która ma zmienić sposób, w jaki odkrycia molekularne trafiają do praktyki klinicznej. Powstaje w Instytucie Biochemii i Biofizyki PAN, na fundamencie ponad 25 lat doświadczenia Pracowni Spektrometrii Mas IBB PAN — największego ośrodka tego typu w Polsce i jednego z największych w Europie Środkowo-Wschodniej.
4 sierpnia 2026 r. MASSTRIM został wpisany na Polską Mapę Infrastruktury Badawczej jako krajowa infrastruktura badawcza o strategicznym znaczeniu dla rozwoju polskiej nauki. Instytucją wnioskującą jest IBB PAN.
Platforma łączy zaawansowane technologie proteomiczne i metabolomiczne z bioinformatyką, umożliwiając kompleksową analizę tysięcy białek i metabolitów w jednej próbce biologicznej lub klinicznej. To pełny obraz molekularny tam, gdzie jeszcze niedawno dostępne były pojedyncze parametry.
MASSTRIM nie jest planem na przyszłość — budujemy go już dziś. W ciągu ostatnich dwóch lat platforma wzbogaciła się o dwa spektrometry mas Orbitrap Astral, należące do absolutnej światowej czołówki. Nowa aparatura pozwala na wysokoczułe analizy próbek o bardzo małej ilości materiału, szybkie badanie dużych kohort klinicznych oraz pracę w skali, która wcześniej była poza zasięgiem.
Platforma będzie wspierać odkrywanie i walidację biomarkerów, opracowywanie paneli diagnostycznych i prognostycznych oraz monitorowanie skuteczności terapii. Będzie również stanowić zaplecze technologiczne dla biobanków i dla projektów realizowanych we współpracy z jednostkami naukowymi, ośrodkami klinicznymi i sektorem biomedycznym.
Chcemy skrócić drogę od odkrycia molekularnego do realnego narzędzia w rękach lekarza. MASSTRIM przyspieszy opracowywanie i wdrażanie nowych rozwiązań diagnostycznych oraz metod wspierających dobór i monitorowanie terapii — z korzyścią dla medycyny translacyjnej, personalizowanej i przede wszystkim dla pacjentów.
Zapraszamy do współpracy. Jeśli prowadzisz badania wymagające zaawansowanej analizy proteomicznej lub metabolomicznej — skontaktuj się z nami.
- Szczegóły
Poznajcie naszego nowego członka zespołu - spektrometr Thermo Orbitrap Astral!
- Szczegóły
Session 1 | Advancing Proteomics: New Methods with the Astral Mass Spectrometer, Best Practices, and Challenges in Experimental Design and Data Analysis
Time: 18.02.2025, 9:30 AM (GMT+1)
Speakers:
Bianka Świderska – Lead Proteomics Mass Spectrometry Specialist, IBB PAS
Dr Agata Malinowska – Senior Specialist in Proteomic Data Analysis, IBB PAS
Session 2 | Revolutionize Your Biomarker Discovery – Unravelling the Proteome by Untargeted Mass Spectrometry Proteomics at Scale
Time: 18.02.2025, 11:30 AM (GMT+1)
Speaker:
Dr Maik M. Pruess – Senior Field Application Scientist, Seer