Stworzyliśmy niewielkie narzędzie do planowania trawienia proteolitycznego. Po podaniu akcesji UniProt lub wklejeniu sekwencji i wybraniu jednego albo dwóch enzymów strona pokazuje miejsca cięcia, masy peptydów i wartości m/z, a także jaka część sekwencji mieści się w zadanym zakresie pomiarowym.
- Przygotowaliśmy 13 gotowych enzymów, każdy z odnośnikiem do pracy źródłowej, albo można zdefiniować własną specyficzność w pozycjach P4–P4′, w tym pozycje definiowane przez wykluczenie (np. „nie prolina")
- Dwa enzymy jednocześnie, miejsca cięcia oznaczone kolorem dla każdego z nich
- Masy monoizotopowe i średnie oraz m/z dla wybranych stanów ładunkowych
- Stała modyfikacja cysteiny: karbamidometylowa (IAA, +57), metylotio (MMTS, +46) albo brak
- Pokrycie sekwencji w zadanym zakresie pomiarowym, aktualizowane na bieżąco
- Po najechaniu na peptyd widać jego położenie w białku, sekwencję i m/z dla każdego ładunku
- Ustawienia zapisują się w adresie URL, więc trwały link otwiera to samo trawienie
- Działa w przeglądarce; jedyne zapytanie wysyłane na zewnątrz dotyczy akcesji pobieranej z UniProta
Nie wymaga instalacji ani konta. → https://mslab-ibb.pl/digest