Laboratorium prowadzi analizy składu białkowego próbek. Warunkiem wykonania analizy jest wypełnienie formularza zamówienia (http://mslab-ibb.pl/pl/formularze) i przesłanie podpisanego, wydrukowanego zlecenia (plik PDF wygenerowany przez system ewidencji próbek) do Laboratorium wraz z próbkami.
Typowa procedura identyfikacji białek przy wykorzystaniu spektrometrii mas złożona jest z następujących etapów:
- degradacja białka w celu uzyskania mieszaniny peptydów, standardowo przy wykorzystaniu enzymu proteolitycznego – trypsyny, po uprzedniej redukcji i zablokowaniu zredukowanych mostków dwusiarczkowych;
- rozdział mieszaniny peptydów przez chromatografię cieczową (LC) i pomiar mas peptydów i ich fragmentów w spektrometrze mas - eksperyment LC-MS-MS/MS z użyciem spektrometru Orbitrap (Thermo);
- porównanie uzyskanych mas peptydów i ich fragmentów z bazą danych sekwencji białkowych (NCBI, UniProt lub baza danych dostarczona przez zleceniodawcę) przy pomocy programu MASCOT (http://www.matrixscience.com/), analiza statystyczna wiarygodności uzyskanych przypisań i ustalenie listy białek obecnych w próbce.
Z powyższego opisu wynikają następujące wnioski:
- Jesteśmy w stanie zidentyfikować tylko te białka, których sekwencje zdeponowane są w bazach danych.
- Bezpośrednio mierzymy tylko masy peptydów i ich fragmentów, a nie całych białek. Identyfikacja następuje na podstawie zgodności zestawu tych mas z przewidywanymi na podstawie analizy sekwencji zawartych w bazie danych. Metoda nie służy więc określaniu sekwencji aminokwasowej białka lub jego fragmentów, lecz jedynie identyfikacji typu białka czyli wskazaniu adresu odpowiedniej sekwencji w bazie danych.
Białka identyfikujemy z prążków żelowych (barwionych Coomasie jak i srebrem), jak również z roztworów czy precypitatów. W razie wątpliwości związanych z optymalnym przygotowaniem próbki do pomiaru MS prosimy zapoznać się z działem FAQ - proteomika lub o kontakt z Laboratorium.
Możliwa jest również niestandardowa identyfikacja białek, np. z membran nitrocelulozowych, białek związanych do kulek magnetycznych itp., jednak przed wysłaniem próbki koniecznie prosimy o kontakt z nami w celu ustalenia szczegółów eksperymentu.
Informacje o wykonanym pomiarze zostaną wysłane pocztą elektroniczną na adres podany w formularzu zamówienia.