W Laboratorium powstało oprogramowanie umożliwiające przeprowadzenie analizy ilościowej względnych zmian ekspresji białek bez stosowania znakowania izotopami stabilnymi (label-free quantitation) lub przy użyciu znakowania metodą iTRAQ (Isobaric Tag for Relative and Absolute Quantitation). Oprogramowanie jest udostępnione na stronie proteom.ibb.waw.pl.