Środowiskowe Laboratorium Spektrometrii Mas działa w Zakładzie Biofizyki IBB PAN od roku 2001. Misją laboratorium jest wykorzystanie spektrometrii mas jako narzędzia analitycznego w naukach biomedycznych. Jest ona realizowana przez prowadzenie własnych projektów badawczych, uczestnictwo w projektach badawczych innych zespołów oraz działalność usługową finansowaną przez wnoszenie opłaty serwisowej przez użytkowników. Laboratorium prowadzi analizy w zakresie:
- pomiarów mas cząsteczek biologicznych
- identyfikacji składu białkowego próbek
- identyfikacji i lokalizacji modyfikacji potranslacyjnych
- ilościowej analizy różnicowej (zarówno bez znakowania jak i ze znakowaniem izotopowym).
Zakres tematyczny prowadzonych projektów proteomicznych jest bardzo szeroki, począwszy od analiz białek bakteryjnych czy drożdzowych kompleksów białkowych, a skończywszy na globalnych analizach proteomu płynów ustrojowych człowieka. Różnorodność ta odzwierciedla uniwersalny charakter eksperymentów proteomicznych, które mogą znaleźć zastosowanie w badaniach każdego praktycznie zjawiska biologicznego. Trudno byłoby wymienić proces biologiczny, w który białka nie są zaangażowane.
Pracownia dysponuje zestawem nowoczesnych spektrometrów mas i aparatów do chromatografii cieczowej, odpowiedniej klasy oprogramowaniem do analizy danych (komercyjnie dostępnym i własnym) oraz platformą informatyczną o wysokiej mocy obliczeniowej. O wiele ważniejszy jest jednak doświadczony i zgrany zespół.
Od grudnia 2010r. zakres działalności laboratorium został rozszerzony o analizy małych cząsteczek na potrzeby badań toksykologicznych, metabolomicznych oraz analizy ilościowe leków w płynach fizjologicznych.
Utworzono także Laboratorium Proteomiki Strukturalnej w ramach projektu NanoFun.