Laboratorium wykonuje analizy ilościowe z zakresu proteomiki różnicowej (globalne porównanie dwóch lub więcej proteomów). Analizy te wykonujemy na spektrometrach typu Orbitrap Velos za pomocą zróżnicowanych metod, które dobieramy zależnie od układu eksperymentalnego i dopuszczalnych kosztów. Rutynowo stosowane przez nas metody proteomiki różnicowej to:
- label-free - analiza polega na pomiarze serii próbek i ilościowym porównaniu wysokości pików LC. Nadaje się do długich serii próbek (np. próbki klicznie) ze względu na niski koszt. Nie umożliwia wykonania dodatkowego rozdziału próbki, toteż lepiej wykonywać ją na mniej złożonych mieszaninach. Próbki do analizy label-free powinny mieć postać roztworu białek o optymalnym stężeniu 1 µg/µl i zawierać nie mniej niż 3 µg białka.
- SILAC - analiza ilościowa opiera się na wspólnym pomiarze MS dwóch lub więcej próbek wyznakowanych izotopowo. Znakowanie wykonywane jest za pomocą pożywek bogatych w aminokwasy zawierające ciężkie izotopy (np. arginina lub lizyna zawierające węgiel 13C lub azot 15N). Inkorporacja "ciężkich" aminokwasów odbywa się jeszcze na etapie hodowli komórek, toteż przeprowadzenie analizy SILAC wiąże się z odpowiednimi zmianami w projekcie eksperymentu.
- iTRAQ - analiza typu iTRAQ umożliwia jednoczesny pomiar stosunków ilościowych dla 4 próbek, dzięki znakowaniu izotopowemu. Znakowanie odbywa się tuż przed pomiarem i nie wymaga zmian w projekcie eksperymentu. Jeśli próbkami są bardzo złożone mieszaniny, możliwy jest dodatkowy rozdział za pomocą ogniskowania izoelektrycznego (w takim wypadku wymagana jest duża ilość białka, około 100 µg na próbkę). iTRAQ nadaje się do analizy skomplikowanych próbek, takich jak proteomy całych organelli komórkowych lub tkanki.
Oprócz pomiaru Laboratorium zapewnia również wielostopniową weryfikację i statystyczną analizę wyników.
Warunki współpracy, zakres analiz i projekt eksperymentu są każdorazowo do ustalenia z kierownikiem Laboratorium