Od dnia 12.11 do końca listopada, ze względu na remont instalacji elektrycznej IBB PAN, dostęp do wyników przez naszą stronę internetową może być okresowo niemożliwy. Przepraszamy za utrudnienia.

click here

Laboratorium zostało wyposażone w najwyższej jakości spektrometr mas Synapt G2 HDMS sprzężony z chromatografem cieczowym nanoAquity UPLC z modułem HDX firmy Waters, który umożliwia pomiary strukturalne cząsteczek z wykorzystaniem:

  • ion mobility separation (IMS), umożliwiającej pomiary czasu przelotu cząsteczek a tym samym obliczenia ich przekrojów czynnych na zderzeniu, co dostarcza istotnych informacji o strukturze cząsteczek;
  • hydrogen – deuterium exchange (HDX) - techniki analitycznej polegającej na śledzeniu wymiany protonów amidowych białek na deutery;
  • electron-transfer dissociation (ETD) – metody fragmentacji jonów w fazie gazowej, komplementarnej do CID. Technika ta pozwala badać labilne modyfiakcje postranslacyjne białek, a także może zostać wykorzystana do proteomiki w ujęciu Top-Down bez wcześniejszego trawienia białek w roztworze.

Najważniejsze kierunki badań:

  1. Analiza struktury oligomerów peptydu Aβ z wykorzystaniem funkcjiIMS.
  2. Badania strukturalne białka receptorowego RAGE z wykorzystaniem techniki wymiany proton-deuter MS.
  3. Badanie oligomerów keratyny 8 i 18 oraz interakcji tych białek z innymi partnerami, stosując metodę wymiany proton-deuter śledzoną przy użyciu spektrometrii mas. Badania wykonywane ze szczególnym naciskiem na rolę tych keratyn w mukowiscydozie. Badania są prowadzone we współpracy z prof. Aleksandrem Edelmanem (Institut Necker, Paris).
  4. Badanie sieci oddziaływań białkowych w kinetochorze Drosophila melanogaster. Wyniki uzyskane z wykorzystaniem HDX ujawniają możliwe powierzchnie interakcji w kompleksie Mis12, będącym jednym z elementów budujących kinetochor. Dodatkowo można zaobserwować zmiany strukturalne pojawiające się  w wyniku oddziaływania poszczególnych składników tego kompleksu ze sobą.  Obecność kinetochoru jest warunkiem wstępnym dla prawidłowej segregacji chromosomów w czasie podziału komórki, co z kolei jest kluczowe dla utrzymania stabilności genetycznej. Badania są prowadzone we współpracy z grupą Davida Glovera (Genetics Department, Cambridge University).
  5. Badania strukturalne fosforylazy nukleozydów purynowych PNP (Purine nucleoside phosphorylase) z wykorzystaniem HDX-MS. Eksperymenty mają na celu mapowanie zmian konformacyjnych enzymu - PNP w wyniku interakcji z substratem – fosforanem, jak również  badany jest wpływ specyficznego inhibitora – formicyny na zmiany strukturalne kompleksu PNP-fosforan. Badania są prowadzone we współpracy z Saša Kazazić (Laboratory for Chemical Kinetics and Atmospheric Chemistry,Ruđer Bošković Institute (RBI), Zagreb) oraz z Agnieszką Bzowską (Zakład Biofizyki, Instytut Fizyki Doświadczalnej, Uniwersytet Warszawski).
PO IG