Od dnia 12.11 do końca listopada, ze względu na remont instalacji elektrycznej IBB PAN, dostęp do wyników przez naszą stronę internetową może być okresowo niemożliwy. Przepraszamy za utrudnienia.

click here

Laboratorium prowadzi analizy składu białkowego próbek. Warunkiem wykonania analizy jest wypełnienie formularza zamówienia (http://mslab-ibb.pl/pl/formularze) i przesłanie podpisanego, wydrukowanego zlecenia (plik PDF wygenerowany przez system ewidencji próbek) do Laboratorium wraz z próbkami.

Typowa procedura identyfikacji białek przy wykorzystaniu spektrometrii mas złożona jest z następujących etapów:

  • degradacja białka w celu uzyskania mieszaniny peptydów, standardowo przy wykorzystaniu enzymu proteolitycznego – trypsyny, po uprzedniej redukcji i zablokowaniu zredukowanych mostków dwusiarczkowych;
  • rozdział mieszaniny peptydów przez chromatografię cieczową (LC) i pomiar mas peptydów i ich fragmentów w spektrometrze mas - eksperyment LC-MS-MS/MS z użyciem spektrometru Orbitrap (Thermo);
  • porównanie uzyskanych mas peptydów i ich fragmentów z bazą danych sekwencji białkowych (NCBI, UniProt lub baza danych dostarczona przez zleceniodawcę) przy pomocy programu MASCOT (http://www.matrixscience.com/), analiza statystyczna wiarygodności uzyskanych przypisań i ustalenie listy białek obecnych w próbce. 

Z powyższego opisu wynikają następujące wnioski:

  1. Jesteśmy w stanie zidentyfikować tylko te białka, których sekwencje zdeponowane są w bazach danych.
  2. Bezpośrednio mierzymy tylko masy peptydów i ich fragmentów, a nie całych białek. Identyfikacja następuje na podstawie zgodności zestawu tych mas z przewidywanymi na podstawie analizy sekwencji zawartych w bazie danych. Metoda nie służy więc określaniu sekwencji aminokwasowej białka lub jego fragmentów, lecz jedynie identyfikacji typu białka czyli wskazaniu adresu odpowiedniej sekwencji w bazie danych.

Białka identyfikujemy z prążków żelowych (barwionych Coomasie jak i srebrem), jak również z roztworów czy precypitatów. W razie wątpliwości związanych z optymalnym przygotowaniem próbki do pomiaru MS prosimy zapoznać się z działem FAQ - proteomika lub o kontakt z Laboratorium. 

Możliwa jest również niestandardowa identyfikacja białek, np. z membran nitrocelulozowych, białek związanych do kulek magnetycznych itp., jednak przed wysłaniem próbki koniecznie prosimy o kontakt z nami w celu ustalenia szczegółów eksperymentu.

Informacje o wykonanym pomiarze zostaną wysłane pocztą elektroniczną na adres podany w formularzu zamówienia.